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| 內容簡介： |
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作为一种重要的乳酸菌，肠球菌在发酵食品中的使用比较广泛。然而，由于部分肠球菌还是条件致病菌，所以其安全性并没有得到公认，这对肠球菌在食品工业中的使用造成了很大的限制。本书基于比较基因组学技术系统分析了肠球菌属以及肠球菌属重要的物种屎肠球菌、粪肠球菌和乳酸肠球菌食品分离株的基因组特征，包括菌株遗传进化、环境适应性、耐药基因和毒力因子等，为肠球菌的安全性评价奠定了基础。本书可以作为肠球菌和比较基因组研究的参考书。
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| 關於作者： |
钟智
博士，研究员，博士研究生导师。就职于内蒙古农业大学食品科学与工程学院乳品生物技术与工程教育部重点实验室，主要从事乳酸菌资源开发与利用方面的研究工作。主持国家级和省部级科研项目10项。以第一作者和通讯作者发表学术论文30余篇；授权发明专利10项；参编教材1部；获得内蒙古自治区科技进步奖一等奖、内蒙古自治区自然科学奖二等奖等科技奖励。兼任中国微生物学会益生菌专业委员会委员、内蒙古自治区食品安全委员会委员、内蒙古营养学会伦理委员会委员、Food Science and Animal Products期刊编委。
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| 目錄：
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绪论 1
参考文献 5
第一章 肠球菌属的比较基因组分析8
第一节 肠球菌属的一般基因组特征 8
第二节 肠球菌属的系统发育和进化 14
第三节 肠球菌属的碳水化合物代谢 18
第四节 肠球菌属的抗生素耐药性 24
参考文献 25
第二章 粪肠球菌的比较基因组分析30
第一节 粪肠球菌30
一、粪肠球菌简介 30
二、细菌的耐药基因、毒力因子和前噬菌体序列31
三、比较基因组学在肠球菌研究中的应用32
第二节 粪肠球菌的比较基因组分析: 对其环境适应性的见解 33
一、粪肠球菌的一般基因组特征 33
二、粪肠球菌的泛基因组和核心基因组 37
三、粪肠球菌的系统发育分析 40
四、粪肠球菌的环境特异性基因 40
五、粪肠球菌的耐药基因 42
六、粪肠球菌的毒力因子 44
七、粪肠球菌的前噬菌体序列 44
第三节 不同分离源粪肠球菌的毒力因子比较45
一、粪肠球菌毒力因子的鉴定 45
二、毒力因子拷贝数分析 50
三、毒力因子在基因组中的分布情况 51
四、粪肠球菌共有的毒力因子分析53
五、不同分离源粪肠球菌所含毒力因子 54
六、环境特异性毒力因子 56
第四节 基于全基因组关联分析研究粪肠球菌发酵食品分离株的耐药性57
一、粪肠球菌耐药性结果 57
二、与耐药性相关的基因 60
三、基因SecG的缺失与菌株的耐药性 61
第五节 基于比较基因组学技术研究粪肠球菌乳源分离株的安全性62
一、粪肠球菌基因组信息 62
二、粪肠球菌平均核苷酸一致性分析 66
三、粪肠球菌核心基因集和泛基因集 66
四、粪肠球菌系统发育树的构建 67
五、粪肠球菌的耐药基因 67
六、粪肠球菌的毒力因子的编码基因 70
七、可移动遗传元件72
参考文献 74
第三章 屎肠球菌的比较基因组分析78
第一节 屎肠球菌78
第二节 比较基因组学分析揭示屎肠球菌基因组的可塑性和环境适应性 79
一、屎肠球菌基因组的一般特征 79
二、屎肠球菌的泛基因组和核心基因组 81
三、屎肠球菌的系统发育分析 83
四、屎肠球菌的耐药基因 85
五、屎肠球菌的毒力因子 87
六、屎肠球菌的环境特异性基因 87
第三节屎肠球菌乳源分离株抗生素耐药性的全基因组关联研究 90
一、屎肠球菌乳源分离株的耐药表型 90
二、屎肠球菌的一般基因组特征 95
三、屎肠球菌的ANI分析 95
四、屎肠球菌的核心基因和泛基因95
五、屎肠球菌的系统发育分析 96
六、屎肠球菌毒力因子分析99
七、屎肠球菌耐药基因分析99
八、全基因组关联分析鉴定潜在的耐药基因 101
参考文献 102
第四章 乳酸肠球菌的比较基因组分析 104
第一节 乳酸肠球菌 104
一、乳酸肠球菌简介 104
二、乳酸肠球菌的致病性因素 105
三、全基因组关联分析 106
第二节 乳酸肠球菌乳源分离株的耐药表型107
第三节 乳酸肠球菌的一般基因组特征、 泛-核基因组
及系统发育树的构建110
一、一般基因组特征 110
二、核心基因组和泛基因组 111
三、乳酸肠球菌系统发育树的构建 112
第四节 乳酸肠球菌基因组中的毒力因子 114
第五节 乳酸肠球菌基因组中的耐药基因及GWAS分析鉴定潜在的耐药基因 115
一、乳酸肠球菌的耐药基因 115
二、利用GWAS分析鉴定潜在耐药表型编码基因 116
参考文献 117
附录119
附表 1 粪肠球菌环境特异性基因列表 119
附表 2 粪肠球菌耐药基因列表 131
附表 3 完整前噬菌体区在粪肠球菌菌株中的分布155
附表 4 通过Scoary鉴定出潜在的抗生素抗性基因162
附表 5 乳酸肠球菌对15种抗生素的MIC分布结果178
附表 6 通过Scoary分析在60株乳酸肠球菌中鉴定出潜在的抗生素抗性基因 185
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