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內容簡介： 《生物信息学实验》是《生物信息学》（科学出版社出版，陈铭主编）的配套实验教程，由浅入深，全面地介绍了生物信息学涉及的实验方法。《生物信息学实验》共12个章节，涵盖了生物信息学需要掌握的基础计算机技术，如Linux系统、R语言的基本操作命令；以及数据库使用、序列比对、进化分析、基因预测、转录组分析、转录调控分析、单细胞转录组分析、蛋白质分析以及系统生物学相关的实验。每个章节先对实验进行简单介绍，然后通过案例进行操作步骤的详细介绍。 目錄： 目录　　前言实验1 Linux系统入门与操作 1实验1-1 文件与目录管理 1实验1-2 文本输入 2实验1-3 系统管理 3实验1-4 Linux系统中的软件安装 6实验2 R语言基础 9实验2-1 R语言的基本操作 9实验2-2 使用R语言计算并安装R程序包 13实验2-3 使用R语言画图 15实验3 NCBI、ENA和DDBJ数据库的序列获取 20实验3-1 NCBI数据库序列数据的获取 20实验3-2 ENA数据库文件的下载 23实验3-3 使用DDBJ数据库下载测序数据 26实验4 双序列比对 29实验5 多序列比对分析 33实验6 进化分析 36实验7 基因预测 39实验7-1 基因翻译蛋白 39实验7-2 基因编码区预测 42实验8 转录组分析 44实验8-1 转录组数据准备 44实验8-2 质控 49实验8-3 序列映射 52实验8-4 转录本定量 54实验8-5 差异表达分析 58实验8-6 基因集功能富集分析 60实验8-7 加权基因共表达网络分析 65实验9 转录调控分析 73实验9-1 miRNA靶基因分析 73实验9-2 ceRNA调控分析 76实验10 单细胞转录组分析 78实验10-1 单细胞转录组数据矩阵的获取 78实验10-2 单细胞转录组数据的下游分析 80实验11 蛋白质分析 91实验11-1 蛋白质结构同源建模 91实验11-2 蛋白质结构可视化分析 94实验11-3 蛋白质?小分子的分子对接 97实验11-4 蛋白质组定量分析 106实验12 Cytoscape系统生物学 110参考文献 117附录1 思政小课堂 122附录2 常用软件介绍及下载 126

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